Les premiers stades larvaires de l'Azuré des Mouillères sont strictement inféodés à Gentiana pneumonanthe, appelée plus couramment Gentiane pneumonanthe ou Pulmonaire des Marais. C'est une hémicryptophyte et héliophile pérenne, mesurant de 10 à 60 cm que l'on trouve principalement dans les landes humides et mésohygrophiles, les prairies tourbeuses, les tourbières comblées et les forêts humides ouvertes, les prairies humides acidiphiles, ainsi que les pelouses à Nard raide et apparentés, jusqu'à une altitude de 1500 m. Elle affectionne les sols humides dont l'humidité varie au cours de l'année. La plante passe le stade hivernal à l'état de très petite rosette ou sans organe extérieur visible. Dans les landes de Lessay, la floraison de la gentiane commence généralement fin juillet. La perturbation du milieu, par des inondations hivernales, le pâturage, le piétinement, la fauche, favorisent la pousse et le renouvellement de la population.

 

Les derniers stades larvaires des chenilles jusqu'à la métamorphose sont eux strictement dépendants de fourmis du genre Myrmica. En France, l'hôte préférentiel semble être M. scabrinodis, bien qu'un hébergement par M. ruginodis soit également possible. M. scabrinodis tolère assez bien l'humidité du sol. Dans les milieux subissant des inondations hivernales, les fourmilières sont installées au niveau des touradons de molinie. La gentiane portant les chenilles d'Azurés doit se situer, pour l'adoption de ces dernières, dans un rayon de deux mètres autour de la fourmilière, ce qui correspond au périmètre de prospection des fourmis.