La flore constitue le point focal de l'intérêt écologique de la réserve. De nombreux botanistes s'y sont aventurés, attirés par l'incroyable richesse floristique concentrée sur un si petit espace. De nombreux inventaires y ont été menés.
Les champignons de la réserve ont fait l'objet d'une thèse de pharmacie menée en 2002 par L. Goudal, étudiant à l'Université de Caen. Ce travail très complet a permis de compléter et de synthétiser les précédentes observations non publiées.
Ainsi, près de 230 taxa de champignons ont été recensées sur la réserve. La lande hygrophile, la chênaie acidiphile et les chemins semblent présenter un intérêt particulier pour la mycoflore qui s'y développe.
Plusieurs espèces sont plus ou moins étroitement liées aux tourbières et marais :
Certaines espèces de champignons inventoriées sont étroitement liées aux herbivores présents sur le site et notamment aux bovins.
| Sur les bouses de vaches | Sur les crottes de lapins |
| Cheilymenia stercorea | Panaeolus campanulatus |
| Coprinus ephemeroides | Panaeolus sphinctrinus |
| Coprinus niveus | Stropharia semiglobata |
| Coprobia granulata |
Un inventaire des macro-lichens a été mené en 1993 par S. Déperiers et A. Lecointe (Laboratoire de Phytogéographie - Université de Caen). Ce travail a permis de recenser 32 espèces, la plupart corticoles épiphytes.
Les Parméliacées sont particulièrement bien représentées au sein de la saulaie et de la chênaie : Parmelia borreri, P. caperata, P. perlata, P. revoluta, P. subaurifera, P. sulcata, Hypogymnia physodes... On note également dans les milieux boisées la présence de Normandina pulchella, minuscule lichen bleuté (1 à 2 mm) au thalle squamuleux en forme de reins ou d'oreilles, se développant parmi les brins de l'hépatique Frullania dilatata. Enfin, la saulaie héberge une espèce corticole épiphyte rare dans la région, Usnea rubiginosa.
Les landes à bruyères présentent une flore lichénique intéressante, dominée par les Cladonies (famille des Cladoniacées) : Cladonia portentosa - formant des coussins arbusculeux grisâtres très friables à l'état sec - Cladonia pyxidata var. pyxidata - aux apothécies en forme de coupe - C. coniocraea, C. floerkeana, C. uncialis...
Les Bryophytes (Mousses et Hépatiques)
S. Déperiers et A. Lecointe ont réalisé en 1993 un inventaire et une cartographie des groupements de mousses et hépatiques de la réserve. La richesse bryologique du site est estimée à 16 espèces d'hépatiques et 56 espèces de mousses dont 10 du genre Sphagnum.
| Sur l'ensemble des espèces recensées, 16 présentent un statut de rareté en Basse-Normandie. Parmi les sphaignes, bien représentées sur le site, il convient de citer Sphagnum squarrosum, rare en Normandie, localisée ici dans la tourbière alcaline au pied des touradons de laîche paniculée bordant le ruisseau. |
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Chez les hépatiques, 4 espèces méritent plus particulièrement d'être mentionnées : Cephalozia lammersiana, minuscule bryophyte turficole très rare en Normandie, Cololejeunea minutissima et Metzgera temperata sur les écorces de saules, et Pellia neesiana, grande hépatique à thalle plutôt montagnarde, très peu fréquente en Basse-Normandie. Chez les mousses, les espèces d'intérêt patrimonial se concentrent principalement dans la saulaie humide et le bas-marais alcalin.
Sur les troncs et branches de saules, se développent deux espèces corticoles épiphytes rares au niveau régional : Orthotrichum fastigiatum et Ulota phyllantha.
Parmi les terricoles, citons Plagiomnium elatum et Eurhynchium speciosum, dans les milieux boisés humides, Calliergon cordifolium, Campylium polygamum et Leptobryum pyriforme dans les secteurs de marais alcalin.
Malgré la grande diversité des espèces présentes, on constate une hétérogénéité forte entre les différents biotopes en ce qui concerne la richesse bryologique. Les landes, les tourbière et le bois tourbeux sont particulièrement riches contrairement aux prairies, humides ou non, où la strate muscinale est quasi inexistante du fait d'un recouvrement trop dense par les plantes herbacées.
Les Fougères (= Ptéridophytes)
La Réserve Naturelle de la Tourbière de Mathon accueille 12 espèces de fougères. La plupart d'entre elles s'expriment au sein de la saulaie, milieu humide et ombragé particulièrement propice à leur développement. Citons notamment l'osmonde royale (Osmunda regalis), magnifique fougère peu commune dans la région bas-normande (récolte réglementée dans la Manche, le Calvados et l'Orne).
| Il est également possible d'observer, dans les prairies humides en bordure de saulaie, quelques pieds d'ophioglosse vulgaire (Ophioglossum vulgatum), parfois appelé herbe-sans-couture, une étrange fougère ne portant généralement qu'une seule feuille. |
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Les Plantes à fleurs (= Phanérogames)
De nombreux inventaires des plantes à fleurs ont été menés sur le site au cours du XXème siècle : L. Corbière (1899), M. Provost (1978), J.M. Géhu (1981), B. de Foucault (1984), C. Zambettakis (1989)... Depuis plus de 20 ans, un suivi floristique régulier permet de tenir à jour ces données.
On recense actuellement plus de 310 espèces de phanérogames, ce qui représente une diversité remarquable au regard de la faible superficie du site.
Dix espèces bénéficient d'un statut de protection.
| Au niveau national : | Andromède à feuilles de Polion (Andromeda polifolia) |
| Grande douve (Ranunculus lingua) | |
| Rossolis à feuilles intermédiaires (Drosera intermedia) | |
| Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia) | |
| Au niveau régional : | Laîche arrondie (Carex diandra) |
| Narthécie des marais (Narthecium ossifragum) | |
| Petite utriculaire (Utricularia minor) | |
| Piment royal (Myrica gale) | |
| Rhynchospore fauve (Rhynchospora fusca) | |
| Scirpe cespiteux (Scirpus cespitosus subsp. germanicus) |
Par ailleurs, près de 30 autres espèces sont considérées comme rares à très rares en Basse-Normandie. Elles sont majoritairement inféodées aux tourbières acides ou alcalines et aux landes. Citons par exemple la laîche filiforme (Carex lasiocarpa), le comaret (Comarum palustre), la platanthère à deux feuilles (Platanthera bifolia), l'utriculaire commune (Utricularia vulgaris), le millepertuis des marais (Hypericum elodes)...
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